МКБ-11 допускает множество приложений для удовлетворения приоритетов системы здравоохранения . Примерами служат смертность, заболеваемость, отчетность первичной медико-санитарной помощи, клиническая регистрация, исследования, безопасность пациентов, устойчивость к противомикробным препаратам, эпидемиология, здоровье населения, эффективность системы здравоохранения, распределение ресурсов и возмещение.