Морфеус умер в The Matrix Online, игре, которая является частью «Matrix Expanded Universe» и считается каноном Матрицы. Поэтому смерть Морфеуса не могла быть проигнорирована в The Matrix Resurrections. Что касается Агента Смита, Хьюго Уивинг не смог вернуться в The Matrix Resurrections из-за конфликтов в расписании .