Менингоэнцефалит могут вызвать бактерии (Listeria monocytogenes, Neisseria meningitidis, Rickettsia prowazekii, Treponema pallidum), вирусы (клещевого энцефалита, вирус Западного Нила) и простейшие (Trypanosoma brucei, Toxoplasma gondii, Naegleria fowleri), мутантные формы свободноживущих пресноводных амёб.