Аномалии эмбриона, часто вызванные генетическими или хромосомными проблемами, обычно являются причиной неудачных циклов ЭКО. Эти аномалии могут помешать эмбриону имплантироваться в матку или вызвать ранний выкидыш после имплантации . Аномальные эмбрионы называются анеуплоидными.