Внутренние прыщи расположены в глубоких слоях подкожно-жировой клетчатки. Они образуются, когда поры забиваются кожным жиром и клетками рогового слоя. Это приводит к затруднению оттока себума, созданию идеальных условий для размножения патогенных бактерий Propionibacterium acnes и развитию воспаления.